Zygmunt Tarło, kasztelan sądecki, z grupą wybitniejszych osobistości pisał do papieża Grzegorza XV, aby pozwolił   franciszkanom-reformatom osiedlić się w Polsce. Gdy ci przybyli do kraju, jako pierwszy wystąpił w 1621 roku z propozycją wystawienia im klasztoru w Zakliczynie nad Dunajcem. Zakonnicy przybyli dnia 19 VI 1622 roku, wprowadzeni przez syna fundatora Andrzeja Tarło.

Pierwsze zabudowania klasztorne były drewniane. W latach 1645 - 1654 drugi syn fundatora Zygmunt Aleksander Tarło, kasztelan Przemyski, polecił wystawić murowany kościół i klasztor.